Entre febrero y junio de 2006, llevamos a cabo un estudio de comunidades naturales de lagartos en dos localidades de la Region Natural del Choco colombiano (Angostura, Tado; y Sangaral Playa del Medio, Guapi), para generar una linea base de conocimiento. Registramos 207 individuos, distribuidos en siete familias, 11 generos y 17 especies. Polychrotidae fue la Familia mas representativa en cuanto a numero de especies; mientras que a nivel especifico Basiliscus basiliscus, Anolis granuliceps y A. maculiventris fueron las especies mas abundantes. En la localidad de Angostura se registro la mayor diversidad. Las especies seleccionaron diferentes tipos de habitat: terrestre (47.05%) fue el de mejor representacion, seguido de arboreo (41.17%), y acuatico (11.76%). La mayoria de las especies se registraron durante el dia, a excepcion de una especie que se registro solo en horario nocturno. Resaltamos el hecho que, en ambas localidades de estudio,la mayor cantidad de registros se obtuvo en las areas abiertas; ligado a esto, logramos la identificacion de 14 especies como posibles indicadorasde calidad de habitat. Palabras Clave: Reptilia, Sauria, ecologia, diversidad, endemismo, Choco biogeografico, Departamento del Choco, Departamento del Cauca. Abstract Lizards in natural communities from two localities of the Colombian Choco region Between February and June 2006, we performeda study of natural lizard communities in two zones of the Colombian Choco Natural Region (Angostura, Tado; and Sangaral Playa del Medio, Guapi), Colombia, to generate a baseline in knowledge. We registered 207 individuals distributed in seven families, 11 genera and 17 species. Polychrotidae was the most representative Family, regarding number of species; whereas to the level of species, Basiliscus basiliscus, Anolis granuliceps and A. maculiventris were the most abundant species. The locality of Angostura registered the highest diversity. The species selected different habitat types: terrestrial (47.05%) was that with better representation, followed by arboreal (41.17%), and aquatic (11.76%). The majority of the species were registered during the day, with the exception of a single species that was recorded only during night time. We highlight the fact that, in both localities, the major quantity of records were obtained in open areas; tied to this, we achieved the identification of 14 species as possible indicators. Key Words : Reptilia, Sauria, ecology, diversity, endemism, Choco Biogeografico, Departamento del Choco, Departamento del Cauca.