El objetivo del trabajo presentado en este articulo consiste en la definicion de un metodo de comparacion basado en la aplicacion de metricas de calidad elaboradas con el fin de medir protocolos de negociacion electronica en entornos Multi-Agente. Para la comparacion de los protocolos se escogen los siguientes criterios de calidad: Rapidez, Eficiencia, Escalabilidad y Completitud. Para la aplicacion y validacion del metodo de Comparacion se implementan dos prototipos de negociacion electronica basados en las subastas inglesa y holandesa, utilizando la plataforma JADE (Java Agents DEvelopment Framework) y se obtuvieron resultados preliminares de su comportamiento los cuales fueron analizados y se sacaron las conclusiones respectivas.