Este trabajo caracterizo la estructura funcional, la diversidad de la comunidad de endomicorrizas y el tamano poblacional de siete grupos funcionales de microorganismos bajo cuatro diferentes coberturas vegetales o usos del suelo; bosque, cultivo de cana, pastura, y cultivo de cafe en la zona rural de Florencia-Caqueta. En los agrosistemas se determino las caracteristicas fisicoquimicas del suelo, el tamano de las poblaciones de siete grupos funcionales de microorganismos, la estructura funcional de la comunidad de endomicorrizas (densidad de esporas, densidad de micelio total) y su diversidad (indices de riqueza-dominancia-equidad). En el suelo superficial (0-20 cm) del area de estudio se encontro que la estructura de la comunidad de endomicorrizas es particular a cada cobertura vegetal. El cambio de la cobertura natural tiene consecuencias en el tamano de ciertos grupos bacterianos, la estructura y la diversidad de las endomicorrizas. Se encontro que las poblaciones de microorganismos y la comunidad de endomicorrizas estan fuertemente relacionadas con los niveles de nutrientes del suelo.