La agricultura convencional ha traido gran deterioro ambiental y dependencia economica del pequeno productor y los paises pobres. La agricultura ecologica es una alternativa cientifica que puede ayudar a superar algunos problemas ambientales y sociales, al proteger los ecosistemas y brindar, a pequena escala autonomia a los pequenos productores y a gran escala soberania alimentaria a las naciones. El presente estudio brinda aportes relacionados con aspectos microbiologicos que pueden ser de utilidad para el sustento cientifico e implementacion mas amplia de dicha agricultura en las diferentes regiones de Colombia, ayudando a resolver problemas y necesidades locales. Con el objetivo de determinar el efecto de algunas practicas agroecologicas sobre algunas poblaciones microbianas edaficas y su posible relacion con el desarrollo de un cultivo de zanahoria y cebolla, se monto una huerta experimento de 40 m2 con dichos cultivos, en la reserva natural Karagabi, en el municipio de Pueblo Rico- Risaralda (Colombia). En la huerta se utilizaron algunas practicas de agricultura ecologica: Asociacion de cultivos, cubierta del suelo, mantenimiento de arvenses y alelopatias. Para la fertilizacion organica se usaron composts tipo bocashi y un biofertilizante liquido aerobio (Repia) y se definieron tres tratamientos: T1: compost a base de bagazo de cana y pulpa de cafe, mas biofertilizante, T2: compost a base de bagazo de cana, mas biofertilizante y T3: control, sin compost ni biofertilizante. A partir de muestras de suelo tomadas antes de la siembra y al momento de la cosecha para cada tratamiento, se realizo un analisis microbiologico de los grupos de hongos filamentosos, bacterias no filamentosas y actinomicetos, determinando el tamano de sus poblaciones, su diversidad y algunos grupos funcionales dentro de cada gran grupo de microorganismos asi: fijadores de nitrogeno en bacterias, solubilizadores de fosfatos en hongos y celuloliticos, xilanoliticos, amiloliticos, proteoliticos y solubilizadores de fosfatos en actinomicetos. Por otro lado, se tomaron muestras de plantas de cebolla y zanahoria al momento de la cosecha para determinar la produccion en ton/Ha de cada uno de los cultivos en cada tratamiento. Los resultados sugieren que las tecnicas agroecologicas usadas en toda la huerta y la fertilizacion organica aplicada en los tratamientos, tuvo efecto en las poblaciones de microorganismos, afectando su abundancia o diversidad, y modificando la presencia de microorganismos pertenecientes a los grupos funcionales estudiados. Asi mismo, la aplicacion de los abonos organicos elevo la produccion de los cultivos que se desarrollaron sin plagas o enfermedades. El efecto mas notable de los tratamientos usados se presento con la aplicacion del tratamiento del suelo-cultivo con compost cana-cafe y biofertilizante, evidenciandose un aumento estadisticamente significativo de la productividad de la cebolla y la zanahoria y variaciones significativas en la abundancia y diversidad de los microorganismos, asi como en la los actinomicetos.