La subfamilia Sigmodontinae es la mas diversa a nivel de mamiferos neotropicales con cerca de 70 generos y 320 especies reconocidas. Con el fin de evaluar nueve especies y siete generos de las especies colombianas dentro de la filogenia de la subfamilia y la tribu a la que pertenecen, se utilizaron dos genes codificadores de proteinas mitocondriales: Citocromo B (CitB), Citocromo Oxidasa I (CoI) y la unidad ribosomal 16S (rRNA 16S). Los datos integrados a la filogenia del grupo (Garcia, 1999) y 2040 pb (generados para este estudio de los tres genes en 40 individuos) fueron sometidos a analisis de maxima parsimonia, de neigborh joining y de maxima verosimilitud para establecer hipotesis filogeneticas robustas. CitB mostro mejor resolucion filogenetica que CoI, y CoI mejor que rRNA16S. Los diferentes analisis filogeneticos indicaron: 1) la monofilia de la subfamilia Sigmodontinae, 2) la monofilia de la tribu Oryzomyini, aunque con resultados contradictorios sobre la inclusion de los generos Zygodontomys y Scolomys en dicho clado 3) la ratificacion del estado polifiletico del genero Oryzomys, 4) el soporte dentro de la tribu Oryzomyini de dos clados principales A y B. El clado A contiene a los generos monofileticos Oecomys y Scolomys; y Handleyomys intectus junto con varias especies del polifiletico Oryzomys. El clado B contiene los generos monofileticos Oligoryzomys, Neacomys y Nesoryzomys, las especies Microryzomys minutus (ratones acuaticos) Nectomys apicalis, Amphinectomys savamis y varias especies del genero Oryzomys (Oryzomys palustres, Oryzomys couesi). Los tiempos de divergencia para las especies colombianas son en promedio de 12,7 millones de anos. Los resultados coinciden en general con estudios previos de ADN mitocondrial y genes nucleares. Es importante la generacion de estudios adicionales de informacion de tipo morfologico y molecular que ayuden a definir los limites a nivel de especies y generos para estos importantes organismos de mamiferos del neotropico, muchos de ellos presentes en Colombia.