En este trabajo se implemento una funcionde contorno de un arbol para establecermedidas de similitud molecular.El estudio se realizo con 73 moleculasorganicas divididas en 8 grupos funcionalesoptimizadas con un nivel de teoriaDFT//B3LYP/6-31G(d,p) a las cualesse les calculo el Potencial ElectrostaticoMolecular y el Laplaciano de la DensidadElectronica en una rejilla tridimensional.A partir de los valores de estaspropiedades, caracterizando y codificandosegun su topologia, se generarongrafos (arboles) que se compararon a travesde la funcion propuesta. La caracterizaciony clasificacion de las moleculasorganicas con el Potencial ElectrostaticoMolecular muestra una separacioncorrespondiente a moleculas que en suestructura poseen heteroatomos con funcionesquimicas por lo menos estructuralmentesimilares, y con el Laplacianode la Densidad Electronica se obtuvocomo resultado una clasificacion acordecon el numero de pares de electrones libresasociados a los heteroatomos en lasmoleculas y a la naturaleza de los atomosque los aportan. Lo anterior evidenciaque las funciones de contorno de arbolpropuestas en el estudio son una alternativarapida para clasificar a grosso modomoleculas organicas.