En arrecifes coralinos de diversos lugares del mundo se han registrado afloramientos de cianobacterias bentonicas que traen consigo consecuencias ecologicas negativas, como por ejemplo efectos nocivos sobre los corales. En Colombia, no existen registros formales de la incidencia de estos afloramientos y sus caracteristicas. Durante muestreos realizados de 2009 a 2011 en arrecifes de las Islas del Rosario, San Andres y Providencia (Caribe colombiano), se observaron afloramientos de cianobacterias bentonicas, los cuales, son reportados y descritos en este trabajo de manera formal. Los afloramientos se manifestaron a manera de aglomeraciones o tapetes macroscopicos conformados por ensambles de mas de una especie de cianobacterias del orden Oscillatoriales, de estas, se identificaron 11 especies, de las cuales cinco ( Oscillatoria margaritifera, O. nigroviridis, O. acuminata, Phormidium gracile, y Blennothrix glutinosa ), son nuevos reportes para el Caribe colombiano . De otro lado, se observo una relacion directa entre el aumento de temperatura y nutrientes en el agua, con la abundancia de cianobacterias . Usando extractos organicos obtenidos de los tapetes recolectados en los afloramientos, se encontro, que algunos fueron toxicos para Artemia salina, otros, tuvieron efectos disuasorios del consumo por herbivoros marinos (opistobranquios ( Bursatella leachii ), erizos ( Lytechinus variegatus ), peces ( Stegastes planifrons )), o presentaron efectos alelopaticos sobre corales adultos ( Madracis mirabilis ) y sus embriones ( Montastrea annularis ). Otros extractos, tuvieron la capacidad de inhibir el quorum sensing contra Chromobacterium violaceum (CV-17) o mostraron tener actividad antifungica contra el hongo marino Dendryphiella salina. Adicionalmente, mediante aislamiento bioguiado siguiendo la actividad inhibitoria del crecimiento de D. salina , se lograron aislar los compuestos Caylobolido A ( 1 ) y acido 7-metoxi-4-dodecenoico ( 2 ).