El herpes virus bovino tipo I (BHV-1) causa la enfermedad llamada rinotraqueitis infecciosa bovina (IBR), infecta al ganado vacuno y presenta manifestaciones clinicas tales como la vulvovaginitis purulenta, el aborto, la rinotraqueitis y la menignoencefalitis. Diarrea viral bovina (DVB) es un pestivirus que afecta al ganado y genera manifestaciones clinicas tales como muerte embrionaria, aborto, nacimiento de terneros debiles y /o persistentemente infectados. Objetivo. Determinar la seroprevalencia de anticuerpos contra herpesvirus -1 bovino (BHV-1) y diarrea viral bovina y los factores de riesgo asociados a estas infecciones en los hatos lecheros del municipio de Pasto, Narino. Materiales y metodos. Se seleccionaron fincas sobre 2527 msnm. Se tomaron 238 muestras de suero y se analizaron mediante la prueba de ELISA para determinar la seropositividad de HVB-1 y DVB. En un cuestionario se recolecto la informacion de cada finca donde se incluyeron variables relacionadas al ganado, salud y practicas de manejo. Con un analisis multivariado mediante regresion logistica binaria con un intervalo de Confianza del 95% (p<0.05) utilizando el programa SPSS19® se determino el Odds Ratio de cada variable. Resultados. La prevalencia encontrada en el municipio de Pasto para el virus de rinotraqueitis infecciosa bovina fue de 17.65% y 32.77% para diarrea viral bovina. Se determino para BHV-1 como factor de riesgo asociado a la presencia de IBR el uso de toros (OR= 30.56, IC 6, 87, 135,98, p<0,0001) y para VDVB la adquisicion de nuevos animales (OR=34.90, IC 6, 30, 193,43, p<0,0001). Conclusiones. La prevalencia de rinotraqueitis infecciosa y diarrea viral bovina en hatos lecheros del municipio de Pasto no indica la enfermedad existente en los animales positivos serologicamente, pero sugiere es que en algun momento de su vida fueron expuestos al agente causal. A partir de los factores de riesgo identificados en el presente trabajo se puede establecer recomendaciones para establecer un control efectivo de enfermedades reproductivas presentes en la region.