El genero Capsicumcomprende 25 especies de las cuales cinco han sido domesticadas y dadoorigen a numerosos cultivares. Sin embargo, la alta seleccion a la que esta siendo sometido elgenero podria llevarla a su erosion genetica, por ello se requiere la introduccion de nuevogermoplasma que suministre una fuente de diversidad genetica, para el mejoramiento de loscultivares comerciales. Dicha fuente se debe encontrar en aquellas zonas donde las especiessilvestres, cercanas y/o relacionadas se distribuyen, ya que estas areas funcionan como reser-vorio de genes y es alli donde se encuentran variedades con acervos geneticos amplios; fuentesgeneticas para resistencia a enfermedades, alta productividad y calidad nutricional. Teniendoen cuenta lo anterior la region amazonica colombiana tiene un valor potencial en la exploracionde germoplasma importante para el genero Capsicum, por ser considerada como el lugar deorigen del complejo silvestre annuum-chinense-frutescens. Asi mismo se requiere de unaevaluacion urgente de la diversidad genetica de la region amazonica, antes de que se agotela disponibilidad de material vivo debido al proceso de deforestacion. Con el proposito devalorar la diversidad genetica presente del genero Capsicum, en la Amazonia colombiana seutilizo la tecnica de electroforesis de isoenzimas para los materiales de Aji colectados enhuertos y chagras indigenas de los departamentos de Vaupes, Guainia y Putumayo. Para laevaluacion se utilizaron cinco isoenzimas polimorficas: alfabetaEST (alfabeta esterasa), GOT(glutamato oxaloacetato transaminasa), PRX (peroxidasa), 6PGDH (6-fosfoglucona-todehidrogenasa) y ME (enzima malica). Con los resultados de presencia-ausencia de bandasse construyeron fenogramas con el indice de similaridad de Dice o Nei (1945) por mediodel programa estadistico NTSYS (Numerical Taxonomy and Multivariate Analisys System). Deacuerdo a los resultados se pudo establecer la alta variabilidad entre las accesiones estudiadas,y se logro determinar la existencia de materiales importantes para programas futuros demejoramiento genetico del genero Capsicum.