La biooxidacion del mineral refractario de oro de la mina El Zancudo (Titiribi-Antioquia) se realizo en un reactor continuo de tanque agitado usando microorganismos nativos acidofilos compatibles con Acidithiobacillus ferrooxidans y Acidithiobacillus thiooxidans. El reactor se opero inicialmente en discontinuo para alcanzar la maxima concentracion de hierro ferrico en solucion, antes de iniciar el proceso en continuo. La caracterizacion mineralogica se hizo a muestras recolectadas en discontinuo, estado transitorio y estacionario en continuo, usando Microscopia Electronica de Barrido (SEM) y Difraccion de Rayos X (DRX). La caracterizacion mineralogica mostro una oxidacion avanzada de la pirita y arsenopirita en discontinuo y parcial en continuo. Adicionalmente, se encontro la formacion de silicatos, jarosita y brushita. Los resultados indican que el sistema alcanzo el estado estacionario despues de 8 dias de operacion en continuo, logrando una concentracion de hierro ferrico en solucion de 8.3 g/l, correspondiente a un porcentaje de extraccion de oro y plata de 78 y 80 %, respectivamente.