Los Apicomplexos constituyen un phylum de protozoarios que se caracterizan por ser parasitos obligados de una gran variedad de huespedes vertebrados e invertebrados. Hoy en dia hay fuertes polemicas en tomo a su clasificacion taxonomica, sus relaciones filogeneticas, y los patrones de coevolucion con sus hospederos. El gen que codifica para el ARN ribosomal de la subunidad pequena (ARN-SURp) se utiliza como marcador molecular para resolver estas inquietudes. A partir del ADN de las especies de la familia Sarcocystidae (Sarcocystis cruzi, Sarcocystis sp. de Didelphis marsupialis y Sarcocystis sp. de Columbina talpacoti y Toxoplasma gondii), y de especies de la familia Plasmodiidae (Plasmodium de Anolis chloris, P. simium, y P. falciparumi, se amplifico por PCR el gen que codifica para el ARN de la subunidad ribosomal pequena (ARN- SURp) usando los iniciadores P5-P3, 0009-2134 Y566R-567R. Se compararon los patrones de restriccion Hind III, Eco RI, Sau 3AI y Alw 261 del DNA ribosomal. La prueba de riboprini mostro que ademas de discriminar entre familias permite caracterizar diferencias a nivel de genero y especie.