Con miras a evaluar posibles efectos de la recomunicacion del rio Magdalena con su antiguo delta, se determino la abundancia y composicion de la rotiferofauna del Complejo de Pajarales (CP), durante el periodo de mayor abundancia anual de zooplancton. El phylum Rotifera fue seleccionado por sus altas tasas reproductivas y eficiencia en procesos de transformacion energetica. Las muestras se colectaron con botella van Dorn durante la segunda temporada lluviosa de 2006. En cada una de las cuatro estaciones analizadas se registraron la salinidad, temperatura, pH y oxigeno disuelto. La diversidad se calculo empleando el indice de Shannon-Wiener H’ (log10) comparando estaciones y fechas de muestreo para establecer variaciones en el periodo de estudio. Graficamente se relacionaron variables fisicoquimicas con valores de diversidad que emplearon un α de 0.05 y 95% de intervalo de confianza. En total, fueron encontrados 20 morfotipos pertenecientes a las familias Brachionidae, Lecanidae, Filiniidae, Synchaetidae, Hexarthriidae y Testudinellidae, siendo Brachionidae y Lecanidae las mas abundantes. La relacion entre diversidad y variables fisicoquimicas, indica que la salinidad es la principal responsable de la diversidad de rotiferos. En conclusion, la rotiferofauna actual en el CP es mas abundante y diversa que hace 16 anos, antes de la recomunicacion con el rio Magdalena. Asi mismo, la concentracion de oxigeno disuelto, pH y salinidad son diferentes. Teniendo en cuenta que la salinidad es el factor que mas influyo en la diversidad de rotiferos, la reapertura de canales probablemente favorecio el incremento en la diversidad de rotiferos en el CP.