El analisis de los haplogrupos del Cromosoma Y definidos por polimorfismos, ha permitido la aproximacion hacia el estudio del origen de las poblaciones humanas y la medida de variacion entre ellas. En Colombia, la Costa Caribe ocupa una posicion muy importante que ha permitido el asentamiento de diferentes grupos humanos y se constituyo un complejo etnico y cultural, que acoge varias agrupaciones raciales; como tal, guarda su historia cultural, y tambien, su historia biologica, importantes elementos para el entendimiento de los procesos que dieron forma a su actual estructura. Debido que Colombia tiene un alto grado de diversidad, se genera un importante interes en estudiar los haplogrupos del cromosoma Y presentes en las poblaciones del caribe, asi como determinar los polimorfismos existentes y sus relaciones filogeneticas. Se estudiaron cinco poblaciones del Caribe colombiano (Cartagena, Mahates, pinillos, Arenal y Soplavientos).Los haplogrupos Y estudiados en este trabajo, se determinaron mediante el analisis de 43 Y-SNPs, seleccionados de acuerdo al arbol de parsimonia de cromosoma Y (karafet et, al. 2008) e informacion de literatura (v.gomes. 2010). La tipificacion de los Y-SNPs, fue realizada por diferentes metodos: PCR simple y multiplex y analisis de secuenciacion y extension de una sola base (SBE) por SNaPshot (Minisecuenciacion). Se analizo un primer marcador en todas las muestras, Insercion polimorfica Alu (YAP), la cual definio el manejo posterior de los analisis a traves de 5 multiplex que incluyen en total 43 marcadores. Los resultados, evidencian un alto componente europeo correspondiente al 67% haplogrupo (R1b1), 26% africano, haplogrupo (E1b1a), encontrado en Africa, y sur de Europa y un 7% Amerindio (haplogrupo Q). Un solo individuo presento el haplogrupo (B), exclusivo de Africa subsahariana, permitiendonos hacer inferencias acerca del origen de la poblacion colombiana y que son consistentes con el consorcio del arbol de cromosoma Y.