Este articulo de reflexion presenta la fundamentacion teorica y racional para la elaboracion de un protocolo de investigacion en salud y su aplicacion en el contexto concreto de la Facultad de Odontologia de la Universidad Nacional de Colombia. El articulo se elabora a partir de la integracion de las vivencias docentes en el area de investigacion de los autores con una revision de la literatura en las areas de investigacion cualitativa y cuantitativa. Se estructura siguiendo la logica utilizada en la elaboracion y presentacion de un protocolo de investigacion, vigente y utilizada a nivel internacional y avalada en el pais por COLCIENCIAS. El articulo da cuenta de la ubicacion cientifica de los problemas de investigacion, su descripcion y formulacion, asi como los elementos para elaborar la justificacion, los objetivos y los aspectos administrativos. El eje central del articulo es la presentacion de los distintos disenos de investigacion utilizados en salud, que se complementa con una amplia bibliografia de consulta. Se destacan finalmente los aspectos derivados de la bioetica que deben ser tenidos en cuenta al momento de elaborar y presentar una propuesta de investigacion en salud.