The purpose of this article is to highlight the importance of developing different research which, beyond the description of the different practices and knowledge of the indigenous communities, reveal the inequalities and social injustices that they live in. The argument is based on three moments of research: a qualitative study conducted during 1992 and 1993 with the indigenous peoples of Colombia from different regions of the country. A documentary research on health carried out in Colombia from 1935 to 1996, with the indigenous and Afro-Colombian population, and a review of the recent research on the health of the indigenous peoples from Colombia. The first part of the article presents a review of the concepts of social justice and equity, within the context of the Declaration of Alma-Ata and the framework of the social determinants of health. Then, an analysis of the situation of the indigenous peoples in Colombia is made -from the research on their health-, and five critical issues between indigenous health and equity are taken into account: land: property, violence and forced migration. Resources and Environment: poverty and possessions. Power: self determination, abuse and dependence. Identity: discrimination and recognition. Health status: tradition and modernity. I intend to analyze the Colombian case in order to provide elements to the understanding of the health problems of the indigenous peoples in other contexts. The article concludes with some recommendations on global and local actions in indigenous health. RESUMEN El proposito de este articulo es resaltar la importancia de desarrollar investigaciones que, yendo mas alla de describir las diversas practicas y conocimientos de las comunidades indigenas, revelen las inequidades e injusticias sociales que ellos viven. La argumentacion se basa en tres momentos investigativos: un estudio cualitativo realizado durante 1992 y 1993 con indigenas colombianos en diferentes regiones del pais; una investigacion documental sobre investigaciones en salud realizadas en Colombia de 1935 a 1996, con poblaciones indigenas y afrocolombianas, y una revision de la investigacion reciente sobre la salud de los indigenas colombianos. En la primera parte del articulo se plantea una revision de los conceptos de justicia social y equidad en el contexto de la Declaracion de Alma Ata y del marco de los determinantes sociales de la salud. A continuacion se analiza la situacion de los indigenas en Colombia en la investigacion realizada sobre la salud de los pueblos indigenas en Colombia y en cinco problemas criticos en la relacion entre salud indigena y equidad: la tierra: propiedad, violencia y migracion forzada; recursos y medio ambiente: pobreza y posesiones; poder: autodeterminacion, abuso y dependencia; identidad: discriminacion y reconocimiento; situacion de salud: tradicion y modernidad. Mi intencion al analizar el caso colombiano es dar elementos para la comprension de los problemas de salud de poblaciones indigenas en otros contextos. Se concluye con algunas recomendaciones sobre acciones globales y locales en salud indigena.