Amazonian deforestation and transformation alert about their effects worldwide. One concern is the increase of the Carbon (C) levels emitted. Previous works have estimated the fixed C in Amazon forests without including the C stored in soils. Within soil, the organic carbon molecules are highly sensitive to degradation, affecting the natural capacity of soils to fix and store C. The present study evaluates the impact of degradation in the natural capacity of Amazon soils to fix C. Thirty five farms with different typology were selected in Caqueta department which hold the highest deforestation and soil degradation rates in the Colombian Amazon. Soil samples were taken from natural forest relicts, cropping areas and introduced pastures of the farms, in locations with high, intermediate and low soil degradation. Aerial biomass was estimated in pastures with different level of soil degradation. Changes in the labile C stock were estimated from the soil organic carbon and the microbial biomass using substrate induced respiration. Results showed that the main C pool is in the natural forest relicts and the crops of the farms, independently from the size or type of farm sampled. The hills with higher intervention showed the lowest soil C fixation capacities. The soil C fixation capacity was related with changes in the soil microbial composition where conserved soils store preferentially C as fungal biomass while degraded soils store C as bacterial biomass. These estimations contribute to establish the cost of sustainability and soil degradation in the Colombian Amazon. Resumen La deforestacion y transformacion de la Amazonia alertan sobre sus efectos en todo el mundo. Una preocupacion es el aumento de los niveles de C emitidos. Trabajos anteriores han calculado el C fijado en los bosques amazonicos sin incluir el C almacenado en el suelo. Las moleculas de carbono organico en el suelo son muy sensibles a la degradacion, afectando la capacidad natural de los suelos para fijar y almacenar C. Este trabajo evaluo el impacto de la degradacion de la capacidad natural de los suelos amazonicos para fijar C. Treinta y cinco granjas con diferentes tipologias fueron seleccionadas en el Departamento de Caqueta, que posee las tasas mas altas de deforestacion y de degradacion del suelo en la Amazonia colombiana. Las muestras de suelo fueron tomadas de relictos de bosques naturales, zonas de cultivo y pastos introducidos de las granjas, en lugares con alta, media y baja degradacion de suelos. La biomasa aerea se calculo en los pastos con diferente nivel de degradacion del suelo. Los cambios en stock C labil se estimaron a partir del carbono organico del suelo y la biomasa microbiana mediante la respiracion inducida por sustrato. Los resultados mostraron que el C pool se encuentra en los relictos de bosques naturales y en los cultivos de las granjas, independientemente del tamano o tipo de granja analizada. Las colinas con una mayor intervencion mostraron la mas baja capacidad de fijacion de C del suelo. La capacidad de fijacion de C del suelo se relaciona con los cambios en la composicion microbiana del suelo, donde en los terrenos conservados C es almacenado como biomasa fungica, mientras que los suelos degradados almacenan C como biomasa bacteriana. Estas estimaciones contribuyen a establecer el costo de la sostenibilidad y la degradacion del suelo en la Amazonia colombiana. Resumo O desmatamento e a transformacao da Amazonia alertando de seus efeitos em todo o mundo. Uma preocupacao e o aumento de niveis C emitidos. Trabalhos anteriores tem calculado o C fixando em florestas amazonicas excluindo o C armazenada no solo. As moleculas de carbono orgânico no solo sao altamente sensiveis a degradacao, afetando a capacidade natural do solo para fixar armazenar C. Este estudo avaliou o impacto da degradacao da habilidade natural dos solos da Amazonia para fixar C. Trinta e cinco diferentes tipos fazendas foram selecionados em Caqueta, que tem as maiores taxas de desmatamento e degradacao do solo na Amazonia colombiana. As amostras de solo foram retiradas de remanescentes florestais em areas naturais, zonas de cultivo e de pastagem introduzidas nas fazendas em locais com alta, media e baixa gradacao. A biomassa aerea foi calculada em pastagens com diferentes niveis de degradacao do solo. As mudancas nos estoques C labil foram estimados a partir de carbono orgânico no solo e a biomassa microbiana pela respiracao induzida por substrato. Os resultados mostraram que o C pool e encontrado nos relictos das florestas naturais e plantacoes de agricolas das fazendas, independentemente do tamanho ou tipo de fazendas analisadas. As ladeiras com maiores intervencoes apresentaram a menor capacidade fixacao de C no solo. A capacidade de fixacao de C do solo se relaciona com alteracoes na composicao microbiana do solo, onde os terrenos conservados armazenam C como biomassa fungica, enquanto que os solos degradados armazenam C como biommassa bacteriana. Estas estimativas ajudam a estabelecer o custo da sustentabilidade e da degradacao do solo na Amazonia colombiana.