Como parte del proyecto “Restauracion Ecologica del Humedal de Jaboque, Bogota, Colombia”, se evaluaron en trece estaciones de muestreo de las zonas no canalizada y canalizada del humedal de Jaboque, las variaciones temporales de la calidad bacteriologica del agua mediante muestreos que correspondieron a los meses de octubre de 2004, enero, marzo y junio de 2005. La tecnica utilizada para el recuento bacteriologico del agua fue filtracion por membrana, y la identificacion de los microorganismos se realizo con pruebas bioquimicas rapidas Crystal BBL y API-20. Los recuentos de los grupos de bacterias aisladas (Aeromonas, Pseudomonas, Clostridium, Coliformes totales y Enterococcus) no mostraron diferencias estadisticamente significativas entre las estaciones que se encuentran en la zona canalizada y las de la zona no canalizada (ANOSIM, test global, R= -0.027, P >0.05). A escala temporal, las muestras recolectadas arrojaron diferencias estadisticamente significativas entre los meses de muestreo (ANOSIM, test global, R=0.511, P obtenidos se dieron en el mes de octubre de 2004. Los grupos de mayor abundancia en las aguas del humedal son los coliformes totales, Aeromonas y Pseudomonas, este comportamiento se observa en la zona canalizada como en la no canalizada, y durante los cuatro meses del muestreo. Las aguas del Humedal de Jaboque contienen un alto numero de Coliformes totales, por lo tanto, no deben ser usadas para fines de consumo humano y domestico, agricola o recreativo.