Introduccion: el cacao es una de las principales fuentes de polifenoles. Estos compuestos se encuentran relacionados con la actividad antioxidante y las caracteristicas organolepticas del cacao y sus subproductos. Durante el procesamiento, los granos de cacao son sometidos a diferentes etapas que pueden afectar el contenido de esos metabolitos, pero que son cruciales para el desarrollo de la calidad organoleptica. Una de estas etapas es la fermentacion. Objetivo: evaluar el efecto de la fermentacion sobre el contenido de metabolitos secundarios y la actividad antioxidante en 5 clones de cacao cultivados en Colombia. Metodos: en los clones estudiados se determino el contenido de fenoles totales, antocianinas totales y taninos condensados, mediante metodos espectrofotometricos; asi como catequina, epicatequina, teobromina y cafeina por cromatografia liquida de alta resolucion. La capacidad antioxidante se evaluo mediante las metodologias del DPPH . (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl), FRAP ( ferric reducing antioxidant power ), ORAC ( oxygen radical antioxidant capacity ) y la capacidad atrapadora de radicales superoxido. Resultados: el efecto de la fermentacion sobre los clones de cacao no fue uniforme, observandose tanto cambios positivos como negativos en los contenidos de los diversos metabolitos secundarios y la actividad antioxidante, en dependencia de la variedad. Sin embargo, los cambios en la actividad antioxidante expresada como TEAC ( trolox equivalent antioxidant capacity ) DPPH estan correlacionados con los diversos cambios en el contenido de fenoles totales durante el proceso de fermentacion y descritos por la expresion siguiente: D DPPH= 6,36099* D fenoles+5,10923, con r 2 = 0,982. Conclusiones: la fermentacion afecta el potencial antioxidante de los clones de cacao, lo cual es importante para el desarrollo de las propiedades organolepticas de los productos finales.