Los procesos con filtros microbiologicos son unos de los tratamientos de aguas residuales donde se usan microorganismos inmovilizados atrapados en soportes. La inmovilizacion se realizo utilizando bacterias amiloliticas y proteoliticas aisladas y caracterizadas a partir de muestras de aguas provenientes del tratamiento anaerobico de fincas cafeteras y de la planta piloto de Cenicafe. Asi mismo se aislaron bacterias con igual capacidad enzimatica a partir de pilas de compost obteniendo un total de siete cepas correspondientes a Bacillus liqueniformis con una actividad amilolitica de 12289 UA/min; Bacillus megatherium de 9890 UA / min y Brevibacterium sp. de 3433 UP / min. La inmovilizacion de las celulas se llevo a cabo en columnas de 50 cm de alto por 3.5 cm de diametro, empleando diferentes subproductos de la produccion de cafe pergamino como borra, cascarilla de cafe y pelicula plateada y sus respectivas mezclas, utilizando carbon activado como control de inmovilizacion por adsorcion. El soporte seleccionado en este estudio fue la mezcla de borra 25%, cascarilla de cafe 25 % y carbon activado 50 %, con una remocion de 88.6 % DQO sobre el valor obtenido postratamiento anaerobico, a las 36 h. Las condiciones del experimento fueron flujo 2.5 mL / min.; temperatura entre 22-24 °C. y pH 7.0 ± 0.2