En los humedales de la vereda San Rafael, localizados sobre la quebrada “La Vieja” a 4 kilometros de Sibate (2.700 msnm), se realizo un estudio limnologico comparativo entre cuatro cuerpos de agua que mostro diferencias entre epocas lluviosa y seca, asi como efectos persistentes del derrame de hidrocarburos en el humedal mas contaminado. Las variables fisicoquimicas CO2, conductividad, nitrogeno y fosforo disminuyeron en epoca seca (agosto); la relacion nitrogenofosforo en epoca lluviosa (abril) fue mayor. El fitoplancton presento mayor abundancia de cloroficeas en abril y de euglenoficeas en agosto; la mayor riqueza se registro en cloroficeas y bacilarioficeas; en agosto las cianobacterias aumentaron en riqueza y abundancia y la diversidad Shannon fue inferior a uno; el humedal contaminado presento una diversidad minima y menor similaridad, con respecto a otros sitios. El perifiton produjo mas biomasa en agosto (0,088 mg/cm2-dia) que en abril (0,043 mg/cm2-dia); la productividad del perifiton aumento aguas abajo en los sitios de muestreo. Los sustratos rocosos presentaron bacterias coliformes, bacilos y hongos. Los macrofitos mas frecuentes fueron c.f. Rhynchospora y Juncus bogotensis; Bulbostylis asperula y Eleocharis acicularis se encontraron solamente aguas arriba del humedal mas contaminado; Hydrocotile sp. solo se presento aguas abajo de este punto.