En dos sistemas loticos del paramo de Santurban, durante lluvia y sequia, se seleccionaron tres tramos de muestreo: nacimiento, zona media y rio, evaluando en cada tramo la influencia de las variables ambientales en la estructura del ensamblaje de diatomeas perifiticas. Un nalisis de componentes principales evaluo la variacion ambiental y mediante una matriz de correlaciones se establecio la importancia de los factores ambientales en las especies registradas. La conductividad, el potencial redox, el pH y el caudal fueron factores determinantes de la variacion ambiental y de las diferencias en la estructura del ensamblaje; el genero Eunotia es tolerante a pH acido, y la polucion organica favorecio el desarrollo de los generos Nitzschia y Navicula. Seis especies reportaron una abundancia significativa: Navicula tantula, Achnanthidium minutissimum, Achnanthidium lanceolatum, Gomphonema parvulum, Navicula cryptocephala y Gomphonema lagenula. Los tramos de los rios presentaron valores altos de caudal y conductividad, que influyeron en la baja diversidad de estas zonas mientras que los valores bajos de caudal y la ausencia de condiciones quimicas extremas en las zonas medias explicaron la mayor diversidad y la similitud del ensamblaje entre estas zonas. El ensamblaje no registro variacion estacional significativa, presentando mayores diferencias entre los tramos que entre periodos de muestreo, indicando que las diatomeas perifiticas fueron afectadas principalmente por diferencias en el habitat entre los tramos y enfatizando la importancia de las condiciones ambientales en los sistemas acuaticos tropicales de alta montana sobre la composicion y abundancia de diatomeas perifiticas.