Los gases de efecto invernadero (GEI), entre ellos el CO2 y el CH4, emitidos desde la superficie terrestre hacia la atmosfera a partir de fuentes naturales y antropicas son considerados como una prioridad por sus efectos en el calentamiento global. En 2001 el Panel Intergubernamental de Cambio Climatico (IPCC) enfoco sus estudios en el analisis de estos gases producidos por fuentes antropicas, mientras que para las emisiones de origen natural quedan muchas dudas que impiden modelar de una forma acertada la dinamica del carbono a nivel terrestre. En efecto, en los balances globales de carbono presentados por el IPCC, los unicos ecosistemas acuaticos considerados son los rios, que se comportan como drenajes naturales de carbono organico e inorganico que corren desde los continentes hacia el oceano, subestimando el aporte de otros ecosistemas acuaticos como lagos, embalses, cienagas y zonas humedas, capaces de almacenar o emitir gran cantidad de carbono en forma de CO2 y CH4. Las incertidumbres en relacion con las emisiones de origen natural que tienen lugar en diferentes cuerpos de agua continentales, estan ligadas principalmente al desconocimiento del comportamiento de la actividad primaria, asi como de los procesos de aporte y degradacion de materia organica (aloctona y autoctona), que a su vez son condicionados por factores de origen climatico, ciclo hidrologico y, para el caso concreto de la Amazonia, de las dinamicas de los bosques inundables. Esta debilidad hace que la cuantificacion de los aportes de CO2 y CH4 hacia la atmosfera, generados a partir de estos ecosistemas acuaticos, sea aun incierta. Este trabajo tuvo como objetivo analizar la dinamica de las emisiones de CO2 y CH4 en los lagos del Yahuarcaca en terminos de flujos difusivos (entre el espejo de agua y la atmosfera), flujos de ebullicion (CH4 generado en los sedimentos) y concentraciones de gases en el cuerpo de agua.