Teniendo en cuenta que las medidas preventivas son las mas eficientes para reducir la incidencia de muchas enfermedades, la implementacion de estrategias que permitan el diagnostico temprano y oportuno de fitopatogenos de cultivos, en especial aquellos de tardio rendimiento, es el objetivo principal de este trabajo. Los hongos fitopatogenos del genero Rosellinia se consideran habitantes naturales del suelo. Sin embargo, su fase parasitica se asocia a la aparicion de enfermedades radiculares principalmente en cultivos de cafe, papa y cacao, que generalmente se relaciona con el aumento en la oferta de materia organica, lo cual beneficia el crecimiento sus poblaciones y las de otros microorganismos que pueden ser patogenos. Con el fin de avanzar en el conocimiento de las especies Rosellinia sp., Rosellinia bunodes y Rosellinia pepo y de desarrollar estrategias de diagnostico para evitar las pudriciones radiculares que estas ocasionan en cultivos de importancia agroeconomica y forestal, se utilizaron dos metodologias moleculares que permiten realizar un primer acercamiento a la variabilidad genetica que presentan diferentes aislamientos de estas especies. Mediante el analisis de RAPD (Amplificacion Aleatoria de Polimorfismos de ADN) y la secuenciacion de las regiones de rDNA-ITS (Espaciadores de Transcritos Internos) fue posible establecer un alto grado de variabilidad entre las cepas, aun dentro de una misma especie. Dichas metodologias estan basadas en la reaccion en cadena de la polimerasa (PCR) que ha sido extensamente utilizada tanto en la identificacion de un organismo por medio de la amplificacion selectiva de su ADN, como al ser aplicada para explorar la variabilidad que posee un genoma. Las cepas de Rosellinia sp. presentaron gran variacion en los perfiles electroforeticos de RAPD constituyendo dos ramas aisladas en el dendrograma de similaridad construido a partir de matrices binarias. De la misma manera, las secuencias de ITS de las cepas de esta especie se encuentran muy relacionadas con otros miembros de la familia Xylariaceae, pero no constituyen un grupo monofiletico en el dendrograma de secuencias. Por otra parte, las cepas de Rosellinia pepo que tienen la misma procedencia geografica (Palestina, Caldas), presentan gran variabilidad en los RAPD, pero conforman un grupo monofiletico, al igual que Rosellinia bunodes en los dendrogramas tanto de RAPD como de ITS1. Sin embargo, el alto grado de polimorfismo (>80%) observado en el analisis de RAPD para las tres especies, esta correlacionado con el aumento progresivo de las enfermedades en los cultivos de cafe, papa y cacao, con la procedencia geografica de las cepas y con la alta divergencia encontrada en otros miembros de la familia Xylariaceae en el tropico. Ya que las regiones rDNA-ITS muestran un alto nivel de polimorfismo interespecifico y multiples copias en el genoma celular, son un buen candidato para el diseno de iniciadores especie-especificos. Por tanto, las secuencias de las regiones ITS1 e ITS2 permitieron el desarrollo de iniciadores de PCR especificos para detectar y diferenciar Rosellinia sp. de otras especies, constituyendose en un sistema de diagnostico del patogeno en suelo y material vegetal. Se sugieren iniciadores especificos para Rosellinia pepo y Rosellinia bunodes que seran probados en ensayos posteriores.