En las poblaciones humanas de Colombia existe una limitada diversidad de linajes maternos, representada por los haplogrupos amerindios A, B, C y D; un aporte materno africano restringido a algunas areas y una muy baja contribucion materna europea. Sin embargo, existe poca informacion de la diversidad nucleotidica natural de secuencias de ADN mitocondrial de poblaciones colombianas. Por esto, este estudio pretende contribuir al establecimiento de una base de datos de secuencias de alta calidad de la Region Control completa del ADN mitocondrial usando una muestra de 50 individuos de varias poblaciones humanas mestizas y nativas de Colombia (Bolivar, Magdalena, Antioquia, Norte de Santander, Santander, Cundinamarca, Meta, Cauca, Choco, Valle y Narino; una poblacion afrodescendiente de Choco), la cual podra ser usada en estudios antropologicos, forenses y de genetica medica. La region control completa se ha ensamblado usando la secuencia de referencia (Andrews y col. 1999). Despues de definir las mutaciones que identifican los principales haplogrupos mitocondriales, el analisis de las secuencias incluyo establecer la frecuencia de haplotipos privados y compartidos entre poblaciones, ademas la diversidad nucleotidica, diversidad haplotipica y distancias geneticas por pares de poblaciones. Un analisis de auto correlacion espacial permitira evaluar la estructura genetica del ADN mitocondrial en las poblaciones de Colombia. Hasta el momento se tiene informacion de secuencias D-loop completa del haplogrupo A para las poblaciones de Boyaca/ Casanare/Cundinamarca, Choco, Valle/Cauca, Huila, Meta, Narino y Quindio. La diversidad de haplotipos mtDNA de Colombia, estimada como el numero promedio de diferencias pareadas entre secuencias, es similar a la distribucion reportada previamente (Fagundes y col 2008). La distribucion de diferencias pareadas del haplogrupo A fue en general unimodal, excepto en Narino, donde fue bimodal, lo cual sugiere que alli circulan haplotipos A muy diferenciados. La diversidad haplotipica, expresada como la probabilidad de encontrar dos haplotipos diferentes en la muestra, estuvo entre 0,9 en Choco y 1,0 en Narino. La diversidad nucleotidica, la cual expresa la probabilidad de encontrar sitios nucleotidicos diferentes entre secuencias de la misma poblacion, es mayor en Narino (0,016) y menor en Quindio y Choco (0,00434 y 0,00473, respectivamente).