La reforma colombiana del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS) lo transformo en un modelo basado en el mercado regulado de los seguros en salud, que ha generado cambios profundos en la oferta de servicios y en el perfil epidemiologico. La politica sanitaria se expresa de manera especial en los programas de control del sida y se refleja en sus indicadores. Objetivo: describir la atencion medica en dos centros de referencia para el control del VIH/sida que actuaron antes (servicio A) y despues (servicio B) de la reforma del SGSSS, como indicadores de politica sanitaria. Materiales y metodos: estudio retrospectivo sobre la totalidad de los 1.252 casos de infeccion por VIH registrados por ambos servicios especializados, entre 1986 y 2002. Resultados: para cada servicio se obtuvieron indicadores de referencia, diagnostico, tratamiento, riesgo de sida, supervivencia y letalidad. Conclusiones: se identificaron condiciones desfavorables del servicio B que sugieren un deterioro en la efectividad de los programas de control del VIH/sida en la continuidad de las intervenciones y en el funcionamiento del sistema asistencial de referencia en la region. Estos factores podrian relacionarse con barreras administrativas impuestas por los requisitos del aseguramiento y explicar la gravedad de los casos al momento de su remision. La terapia antirretroviral especifica se mostro efectiva para reducir la letalidad y mejorar la supervivencia; sin embargo, su uso fue irregular y tardio y no logro reducir la incidencia de sida entre los infectados. El estudio sugiere la aparicion de fallos en el modelo sanitario, que afectan la calidad y eficiencia del control del VIH/sida.