Se analizo la composicion taxonomica y de acidos grasos del zooplancton superficial colectado en cuatro estaciones en bahia Malaga (Pacifico colombiano) en mayo de 2009. Este estudio fue orientado a la ampliacion del conocimiento de la bioquimica de productos naturales provenientes de organismos marinos en Colombia, y a la implementacion de tecnicas novedosas para la taxonomia del zooplancton. La comunidad zooplanctonica estuvo representada por cinco filos: Arthropoda (81.02 %), Chaetognatha (18.59 %), Cnidaria (0.15 %), Ctenophora (0.03 %) y Echinodermata (0.2 %). En estos filos se incluyeron 8 clases, 21 ordenes y 85 familias. Los acidos grasos mas abundantes fueron acido palmitico (C16:0), acido oleico (C18:1 (c9)-ω9) y CLA (acido linoleico conjugado) (C18:2 (c9, t12)), de los cuales el acido palmitico (C16:0) se presento asociado con la presencia de organismos de la subclase Copepoda, la cual fue el taxon mas abundante para este estudio. A nivel de clase, se presento una asociacion de Sagittoidea con los acidos C20:2 (c11, 14)-(ω6) y C20:3(ω3)+C20:4(ω6), indicando una estrecha relacion entre la presencia de los derivados del acido araquidico y organismos de esta clase. Los acidos grasos del zooplancton marino en Colombia son un area de estudio con vasto potencial en investigacion de alto impacto, ya que son una herramienta util para determinar grupos taxonomicos (quimiotaxonomia), y ademas permiten dilucidar relaciones troficas en los ecosistemas acuaticos.