Moniliophthora roreri es el agente causante de la moniliasis del cacao, la enfermedad mas severa en las plantaciones de cacao en el departamento de Antioquia, Colombia. Los marcadores moleculares RAPD (Random Amplyfied Polymorphism of DNA) y AP-PCR (Arbitraly Primed Polymerase Chain Reaction) fueron usados para estudiar la variabilidad genetica de 170 aislamientos de M. roreri colectados en doce municipios de Antioquia. El analisis dividio la poblacion en seis grupos, el grupo G1 fue el mas grande y contenia el 95% de los aislamientos con una alta similitud genetica (coeficiente de similitud de 0,7 a 1), mientras los otros cinco grupos contenian solo aislamientos de Apartado y Dabeiba con una similitud genetica moderadamente baja (coeficiente de similitud entre 0,45 a 0,55). El analisis de componentes principales mostro una alta similitud genetica entre la poblacion excepto entre los aislamientos de Apartado y Dabeiba, que registraron los mas altos niveles de variabilidad genetica con valores altos del indice de Shannon y el porcentaje de loci polimorficos, mientras los otros aislamientos registraron una baja variabilidad genetica. Los valores de diversidad y diferenciacion genetica en la poblacion muestran una introduccion reciente de M. roreri en las plantaciones de cacao de Antioquia, y una reproduccion predominantemente clonal en la poblacion. De acuerdo con Amova, la mayoria de la variacion genetica se encontro dentro de los municipios (75,68%) con solo un 5,94% presente entre las subregiones.