Recientemente se detecto en Colombia la presencia del virus mop-top de la papa (PMTV, Pomovirus), transmitido por zoosporas del protozoo Spongospora subterranea f. sp. subterranea, agente causal de la sarna polvosa de la papa. Esta investigacion se planteo con el fin de evaluar las caracteristicas genotipicas de las cepas virales del PMTV obtenidas a partir de 20 muestras de suelos de cultivos de papa de los departamentos de Antioquia, Boyaca, Cundinamarca y Narino. Para esto, se amplificaron mediante RT-PCR las regiones parciales que codifican para los genes de la capside (CP) y del segundo gen del triple bloque de genes (TGB2), secuenciandose y comparandose con las secuencias de este virus depositadas en las bases de datos moleculares. Adicionalmente, se seleccionaron dos cepas del virus para aumentar el cubrimiento de las secuencias de los segmentos dos y tres (ARN 2 y ARN 3) del genoma viral. Los resultados reconfirmaron la presencia del virus PMTV en Colombia, detectandose dos variantes principales (I y II), una de ellas correspondiente al genotipo distribuido mundialmente (I); mientras que la otra variante (II) representa aislamientos virales de PMTV no registrados hasta ahora en otros paises del mundo. Se espera que la informacion generada en esta investigacion sea considerada en los programas de certificacion de tuberculo semilla y del manejo cuarentenario de patogenos del cultivo de papa en el pais.