El analisis molecular del cistron, que codifica para la proteina de la cubierta del virus del mosaico de la cana de azucar (SCMV) reportado en la base de datos del banco de genes (GenBank), revelo la presencia de 45 nucleotidos adicionales que codifican para quince aminoacidos, en la region amino de la secuencia de la proteina de la cubierta del aislamiento mexicano identificado con el numero de acceso GU474635. El analisis BLAST indico que esta caracteristica particular tambien esta presente en el aislamiento D00949, reportado en 1991 en Estados Unidos. El analisis filogenetico de 185 secuencias de la proteina de la cubierta de SCMV reportadas de Asia, africa, Brasil y Argentina, entro otros, sugiere diferentes origenes filogeograficos de los aislamientos mexicanos. El aislamiento mexicano GU474635 es filogeneticamente mas cercano a aislamientos de SCMV de Brasil y de EE.UU., mientras que secuencias de la proteina de la cubierta del virus SCMV reportadas en China y Alemania son filogeneticamente mas cercanas al aislamiento mexicano EU091075. Las caracteristicas particulares que comparten aislamientos virales de tres paises del continente americano, a saber, EE.UU., Mexico y Brasil, sugieren un bajo control fitosanitario en el intercambio de material vegetal.