Para aportar elementos analiticos a los tomadores de decisiones se analizaron los factores asociados a las inequidades en la vacunacion infantil, a traves del analisis de las brechas o diferencias de cobertura municipal en relacion con el nivel nacional, mediante un estudio ecologico que empleo un analisis de regresion multiple que incluyo tanto variables territoriales, como del sistema de salud. Se asociaron con el aumento de las brechas de cobertura la ruralidad, el tamano funcional municipal, y la mayor densidad de poblacion infantil. A su vez, disminuyen estas diferencias la afiliacion subsidiada al Sistema de Salud y los recursos per capita destina dos a salud publica. Se concluye que el esfuerzo deberia centrarse en municipios con mayor desigualdad, menor urbanizacion y recursos.