El Potato virus Y (PVY) es el virus mas limitante de los cultivos de solanaceas en el mundo. Este virus tiene una alta diversidad de variantes gracias a sus altas tasas de mutacion y recombinacion genetica. En este estudio se realizo un analisis filogenetico de 24 aislamientos de PVY obtenidos en cultivos de papa y tomate de arbol de tres regiones de Colombia, con base en la secuenciacion parcial del gen de la capside viral (CP). Adicionalmente, en 12 de los aislamientos, se secuencio completamente dicho gen, con el fin de evaluar su similitud a nivel de aminoacidos con respecto a secuencias de referencia mundial. Los resultados indicaron la presencia de tres variantes principales de PVY en el pais (denominadas I-Col, II-Int y IV-Col), dos de las cuales (I-Col y IV-Col) no se asociaron con ninguna secuencia de referencia de las razas tradicionales de PVY; mientras que el tercer grupo hizo parte del clado representando el linaje PVYN/NTN. Los tres grupos incluyeron conjuntamente cepas de papa y tomate de arbol, lo que permite inferir que ambas especies son hospedantes alternos de los mismos genotipos del virus. El analisis de aminoacidos de CP, reconfirmo la presencia de las tres variantes, aunque la variante I-Col se presento asociada con dos aislamientos recombinantes (PVYNTN x PVYNE-11) del Brasil, pero con un bajo soporte de bootstrap. Los resultados obtenidos senalan la necesidad de ajustar los sistemas de diagnostico del PVY y profundizar en la caracterizacion biologica de las variantes de este virus en Colombia.