En algunas enfermedades periodontales se ha reconocido, por estudios recientes, que son causadas primariamente por microorganismos especificos, lo cual ha llevado a investigar cuales bacterias son mas prevalentes en ellas y desarrollar los regimenes de antibioticos, que pueden ayudar a los procedimientos manuales utilizados tradicionalmente como el alisado radicular y la cirugia. Los antibioticos mas comunmente utilizados han sido las tetraciclinas y especificamente en la periodontitis juvenil localizada. Las penicilinas han tenido un efecto limitado, pero la Amoxicilina mas el Clavulanato potasico (Au) han mostrado un buen efecto en la periodontitis refractaria del adulto en la cual predomina una flora gram (+). El Metronidazol ha mostrado cierta efectividad en periodontitis cronica del adulto cuando la flora es estrictamente anaerobia. Cuando se utiliza en union con la Amoxicilina ha mostrado ser efectiva en la eliminacion del A. actinomycetencomitans. La Clindamicina es una alternativa util en la periodontitis refractaria cuando esta asociada a una flora predominantegram (-). El uso de otros antibioticos y combinacion de ellos, ha sido discutido y se establece que no hay un soporte claro de la terapia antibiotica rutinariamente en la periodontitis del adulto.