Las planicies de inundacion atlanticas colombianas estan impactadas por la mineria aurifera artesanal desarrollada durante las ultimas decadas. Sin embargo, la contaminacion local por mercurio ha sido comparada con niveles de accion de otras latitudes y no se han incluido otros metales de interes sanitario en las investigaciones. El presente estudio contribuyo al conocimiento de la respuesta geoquimica espacial inducida por el pulso hidrologico y la composicion de materia organica (MO) en el area de influencia del complejo de humedales de Ayapel. Se evaluo la distribucion espacial y temporal de mercurio (Hg), plomo (Pb), cromo (Cr) y MO en el sedimento reciente del complejo cenagoso de Ayapel y se contrasto con el nivel de referencia de contaminacion local por Hg (0,032 μg g-1), Pb (2,39 μg g-1) y Cr (89,58 μg g-1) determinado en la Formacion Betulia. Los rangos de los tres metales fueron: 0,008-0,117 μg Hg g-1; 1,090-11,870 μg Pb g-1 y 5,350-93,430 μg Cr g-1. El Hg mostro la mayor variabilidad espacial (0,083 ± 0,064 Mg g-1) y niveles superiores en el afluente del frente de explotacion aurifera en la decada del 80. En comparacion con el nivel de referencia, el 91 % del sedimento reciente presento enriquecimiento por Pb (6,376 ± 4,048 μg g-1) y el 66,6 % enriquecimiento por Hg. En contraste, el contenido de Cr fue relativamente bajo (96,325 ± 29,868 μg g-1) y presento tendencia a disminuir de oriente a occidente. El sedimento fue predominantemente inorganico, con porcentajes medios de cenizas de 88,154 ± 3,822 % y escasos niveles de MO (11,846 ± 3,822 %). Se presume el aumento en la movilidad del Hg debido a la alta tasa de respiracion de MO en la zona central del espejo de agua principal de la cienaga de Ayapel. La resuspension y migracion de sedimentos contaminados es facilitada por la inestabilidad termica de la columna de agua influenciada por la accion del viento