El Estado colombiano ha definido la innovacion en el sector productivo como requisito indispensable para mejorar la calidad de vida de los ciudadanos. Una de las estrategias establecidas para tal fin es aumentar el numero de doctores (PhDs) en dicho sector, pues se parte del supuesto que la innovacion demanda capacidad de generar, usar, transferir y comercializar conocimiento al mas alto nivel y los doctores son el recurso humano con el entrenamiento necesario para que la industria alcance esta condicion. El desafio es considerable pues el pais cuenta con 13,22 doctores por cien mil habitantes, 4,59 doctores graduados por millon de habitantes, la edad promedio de los doctores es de 48,5 anos y solamente 0,06% del personal ocupado en la industria tiene titulo doctoral. A diferencia de algunos paises como Espana o Francia en los cuales se han adoptado politicas para estimular la insercion de doctores en la industria y contrastando con paises como EEUU donde la mayoria de los doctores estan en las empresas, Colombia es un pais en el cual los doctores en su mayoria estan en la academia si bien la tasa de empleo formal es la mas alta (94%) entra la poblacion con educacion superior. Aumentar el numero de graduados de programas de doctorado en la empresa en Colombia requiere modificar las expectativas y preferencias subjetivas de los estudiantes de doctorado. Anteriormente se argumentaba que era suficiente adoptar y adaptar los valores de la academia en la empresa para atraer a los doctores. Algunos trabajos han mostrado que son las expectativas o valoraciones subjetivas sobre la empresa que se gestan desde sus primeros anos como estudiantes las determinantes a la hora de que un doctor decida trabajar o no en el sector externo a la academia. Un reciente estudio llevado a cabo en Colombia encontro que la mayoria de los estudiantes de doctorado en el area de ingenieria seleccionan la academia como destino laboral porque consideran que ella les permite escoger sus agendas de investigacion, escribir articulos, recibir reconocimiento y compartir resultados de investigacion con las comunidades academicas. Parte de la explicacion a este fenomeno radica en la naturaleza de la formacion que estan ofreciendo los programas de doctorado en el pais. Al respecto, algunos estudios han mostrado que los programas de doctorado de corte industrial influyen en las expectativas subjetivas para que los estudiantes opten por la industria lo cual supone redefinir los objetivos educacionales y el tipo de experiencia educativa en contraste con los programas de doctorado de corte “academico”. En este trabajo se describen aquellos aspectos que se consideran relevantes para transformar los programas doctorado de corte academico en el area de ingenieria en unos que puedan promover efectivamente la innovacion en las empresas en Colombia buscando aumentar el numero de doctores en estas a partir del reconocimiento de lo que es un ecosistema de innovacion el cual se contrapone al modelo lineal de innovacion, tan apreciado en la academia por sus beneficios para ella, pero que caracteriza pocas innovaciones.