Para desarrollar este documento se realizo una evaluacion del deterioro ambiental de los habitats de Varzea, Terra Firme, Igapo e Igarape durante 17 anos en la cuenca del rio Amazonas, en la frontera entre Colombia, Brasil y Peru. Los datos fueron recolectados entre 1989 y 2006 en tres locaciones: Matamata, Atalaia y Javari. Con el fin de evaluar el grado de deterioro en los habitats de Varzea y Terra Firme, se levantaron vistas de planta basadas en porcentaje de cobertura del suelo segun cinco categorias: 1. selva no intervenida, 2. rastrojo, 3. chagras, 4. suelo incinerado, y 5. suelo denudado. En los habitats de Igapo e Igarape se hicieron descripciones fisiograficas y perfiles batimetricos para describir la degradacion estructural del paisaje. Los datos fueron procesados con los programas Surfer, PAST y Biodiversity. Asimismo, se hizo un analisis de similaridad entre muestras y epocas basado en el indice de Bray-Curtis. Adicionalmente, se calcularon las covarianzas mediante un analisis multivariado de componentes principales. El habitat de Igapo mostro en todos los anos un buen nivel de integridad ecologica, mientras que los habitats de Varzea y Terra Firme presentaron fragmentacion espacial y un alto nivel de deterioro representado en la denudacion del suelo provocada por las practicas de tala y quema, mineria, pastura y aserraderos. Por las mismas razones, el habitat de Igarape, si bien mantuvo cuantitativamente la oferta de habitat, evidencio con los anos un progresivo deterioro del paisaje.