El presente articulo examina la estrategia de los Grupos de Investigacion universitarios como factor determinante de su desempeno en calidad de agentes del sistema de innovacion. Para abordar el tema, se realizo una investigacion interinstitucional cuyos resultados muestran que, en general, los investigadores valoran significativamente que su investigacion se articule a procesos de innovacion y que, para que esto suceda, estan dispuestos a conformar alianzas con empresarios y otros stakeholders, aceptando la confidencialidad e incluso la proteccion y explotacion del conocimiento en actividades comerciales lucrativas. Sin embargo, las estrategias de los Grupos a este nivel son poco efectivas, en gran parte debido a que sus capacidades investigativas no son complementadas adecuadamente con las capacidades de gestion que la administracion universitaria debe acumular, como resultado de una clara estrategia de integracion de la universidad a las dinamicas del sistema de innovacion.