Para el sistema cenagoso cienaga Grande del Bajo Sinu, cienaga de Ayapel y el complejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura, departamento de Cordoba, Colombia, registramos 44 especies de reptiles distribuidas en 16 familias. Las familias mas diversas fueron Colubridae (Serpentes) y Polychrotidae (Sauria). El humedal con mayor diversidad Alfa fue el complejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura con 37 especies, seguido de Ayapel con 27 y la Cienaga Grande del Bajo Sinu con 25. Las curvas de acumulacion de especies y los estimadores no parametricos, ICE y Chao 2, indicaron un inventario representativo para la Cienaga Grande del Bajo Sinu y Ayapel y un leve submuestreo para el complejo cenagoso de Arcial-El Porro-Cintura (APC). Se evidencio un bajo grado de complementariedad entre las cienagas. Concluimos que el complejo cenagoso APC es un area prioritaria para conservacion dado que soporta alta riqueza y un alto numero de especies unicas y raras; sin embargo, es necesario generar planes de manejo y conservacion en las tres cienagas si se desea mantener una alta diversidad beta y asegurar la representatividad de los reptiles en los humedales de la planicie del departamento de Cordoba.