Entre agosto de 2006 y marzo de 2008 se determino la presencia de bacterias asociadas a la oxidacion de hierro y manganeso en el limite de zona fotica (LZF) y en el fondo del hipolimnio (FH) en siete estaciones del Embalse Riogrande II en funcion de la disponibilidad de estos metales. Se realizaron mediciones in situ de temperatura del agua, oxigeno disuelto, pH, potencial redox y conductividad electrica. En el fondo del hipolimnio con niveles de oxigeno disuelto ≤ 4mgL-1 solo se encontro presencia de las bacterias oxidantes de hierro compatibles con Gallionella sp, Sphaerotilus sp, Beggiatoa sp y estructuras compatibles con bacterias prostecadas. El mayor numero de estas bacterias se observo en el brazo de Rio Grande (E4) en donde los niveles de hierro soluble fueron superiores a 1,4 mgL-1. No se encontro presencia de bacterias dependientes de la oxidacion del manganeso.