Se realizo la caracterizacion morfoagronomica y molecular de 19 poblaciones de papa Solanum tuberosum L. y Solanum phureja procedentes del Departamento de Narino. Se realizo un Analisis de Componentes Principales (ACP) para variables cuantitativas y un Analisis de Correspondencias Multiples (ACM) para variables cualitativas. La caracterizacion molecular se realizo mediante la tecnica RAMs. El analisis de agrupamiento para ACP y ACM se hizo mediante el criterio de agregacion de Ward y mediante el coeficiente de Nei-Li para los datos moleculares. En el ACP, el primer eje explica el 75,79% de la variabilidad total y esta formado por dias a floracion. En el ACM, sobresalieron los descriptores color de caliz y color de ojos del tuberculo por su contribucion a la variabilidad. En la caracterizacion molecular, el porcentaje de loci polimorficos para cinco cebadores RAMs fue del 55,6 al 100%. Los valores de distancia genetica oscilaron entre 0,092 y 0,89. La heterocigosidad promedio encontrada (0,23) fue alta, indicando que existe una alta variabilidad genetica dentro de la poblacion estudiada. Segun los analisis de clasificacion morfologicos y moleculares, las poblaciones Ratona C y Ratona T son duplicados. Los dendrogramas del ACM y del analisis molecular, a diferencia del generado por el ACP, no mostraron tendencia al agrupamiento de las variedades de acuerdo a la especie