El valle geografico del rio Cauca, presenta condiciones ecologicas singulares, debido a la existencia de barreras fisiohidrograficas de tipo artificial y natural, representadas por la represa de Salvajina y al cambio de pendiente del rio Cauca entre los poblados de La Virginia y Caucasia que genera saltos y chorros que separan las cuencas alta y media, lo mismo que la contaminacion causada por las descargas industriales y domesticas, provenientes de diferentes municipios En consecuencia, la fragmentacion del medio acuatico de este valle, posiblemente ha, favorecido la presencia dominante de especies icticas foraneas tolerantes y de poco valor comercial, como coroncoro (Hypostomus plecostomus) y tilapia (Oreochromis niloticus), restringiendo a ciertos tramos del rio, a los peces nativos que requieren usualmente cuerpos de agua con adecuados niveles de oxigeno y turbidez, impactado negativamente la diversidad genetica de las especies icticas nativas como el bocachico (Prochilodus magdalenae), facilitando los proceso de endogamia, al interior de las poblaciones. Por lo anteriormente expuesto, la presente investigacion, se propuso determinar el estado de vulnerabilidad de esta especie ictica, mediante marcadores moleculares tipo AFLP (Polimorfismo de longitud de fragmentos amplificados). Para este efecto, se obtuvo ADN de 122 ejemplares, colectados en las estaciones La Balsa, Riofrio y La Virginia. El estudio demuestra que la tecnica molecular AFLP, es util para establecer la variacion genetica intra e interpoblacional. Los resultados senalan cinco subpoblaciones de bocachico (P. magdalenae), con la mayor heterocigosidad promedio esperada, en la poblacion de La Balsa (0.365) y la menor en Riofrio (0.039). Los valores FST, y Nm indican una estructura genetica con moderado intercambio de genes y constituida por poblaciones separadas por barreras contaminantes y fisiohidrograficas. El Analisis molecular de varianza (AMOVA,) determina una