La Enfermedad de Pompe (EP) es un desorden metabolico caracterizado por la deficiencia de alfa-glucosidasa acida (GAA), una enzima que cataliza la hidrolisis de las uniones glucosidicas α-1.4 y α-1,6 de glucogeno. Esta deficiencia resulta en acumulacion de glucogeno en todos los tejidos, especialmente en musculo esqueletico. Los pacientes con EP muestran un gran espectro de fenotipos con respecto a la edad de inicio, progresion de la enfermedad, severidad y tasa de progresion a muerte. El curso clinico de la enfermedad es principalmente determinado por la naturaleza de las variaciones geneticas de GAA quellevan a diferentes grados de deficiencia enzimatica. Hasta la fecha alrededor de 400 distintas variaciones en la secuencia de GAA han sido descritas, y en algunos casos la correlacion genotipo-fenotipo no es claramente evidente. En este estudio se describe el primer analisis genetico y clinico de pacientes colombianos con EP en 13 individuos afectados. La secuenciacion directa del gen GAA, revelo ocho distintas mutaciones relacionadas con la etiologia de EP incluyendo dos nuevas mutaciones missense c.1106T>C (p.Leu369Pro) y c.2236T >C (p. Trp746Arg). Estudios funcionales in vitro mostraron que los cambios estructurales conferidos por ambas mutaciones no inhiben la sintesis del precursor de GAA de 110 KD pero afectan el procesamiento y el transporte intra-celular de la proteina.