RESUMEN Fundamento: algunos autores documentan diferencias en las caracteristicas clinicas y en la prevalencia de los periodontopatogenos asociados con periodontitis agresiva y cronica en las poblaciones estudiadas. Objetivo: comparar las caracteristicas sociodemograficas, clinicas y microbiologicas de pacientes con diagnostico de periodontitis agresiva y periodontitis cronica en una poblacion Colombiana. Metodos: en el presente estudio de corte transversal, el universo estuvo constituido por 94 pacientes: 40 con periodontitis cronica, 40 con periodontitis agresiva, y 14 controles sin periodontitis. Se realizo un examen periodontal completo que evaluo los parametros periodontales mas importantes. Se tomaron muestras microbiologicas de los pacientes en sitios con una profundidad de sondaje ≥ 5 mm. Resultados: se encontro una mayor proporcion de Porphyromonas gingivalis y Tanerella forsythia en el grupo de periodontitis cronica. Conclusiones: los resultados del presente estudio muestran algunas particularidades microbiologicas y clinicas de la periodontitis agresiva y la periodontitis cronica en la poblacion estudiada. En terminos de estrategias de prevencion y tratamiento de las enfermedades periodontales, los clinicos deben tener presente las potenciales diferencias en la microbiota subgingival y su asociacion con el estado periodontal en una poblacion particular.