En la vereda El Bosque del Parque Nacional Natural de Los Nevados (PNNN), Colombia, se estimo la densidad poblacional de microorganismos asociados con el metabolismo de nitrogeno (N) en suelos bajo tres sistemas de uso: cultivo de papa, ganaderia y zonas poco intervenidas (paramo). Indirectamente se cuantificaron microorganismos amonificantes (AMO), proteoliticos (PRO), oxidantes del amonio (BOA), oxidantes del nitrito (BON) y denitrificantes (DEN) en suelos de tres fincas ubicadas a diferente altitud y en epocas seca y lluviosa. Se realizo la prueba no-parametrica de Kruskal-Wallis por pares, con un nivel de significancia P 0.05, para detectar diferencias estadisticamente significativas entre las diferentes abundancias de grupos funcionales de microorganismos. Luego, se realizo analisis de componentes principales (ACP) para evaluar las relaciones entre las diferentes variables estudiadas. Los resultados mostraron diferencias para los grupos evaluados, siendo menor la densidad de microorganismos en suelos de paramo. Los PRO fueron mas abundantes en todos los tipos de suelos, seguido de los DEN con mayor densidad en el ecosistema paramo. La densidad poblacional microbiana no fue afectada por la altitud, sin embargo se presentaron algunas diferencias que no mostraron un patron unico de comportamiento. Se observaron diferencias como resultado de la epoca climatica, siendo mayor en la epoca seca para los grupos PRO, AMO, BOA y BON, y en epoca de lluvias para los DEN. Este estudio contribuye al conocimiento de las relaciones que existen entre el uso del suelo y la presencia de los microorganismos asociados con el ciclo de nitrogeno.