Conocer la variabilidad genetica del name, Dioscorea spp., permite apoyar estrategias de mejoramiento y conservacion de este recurso fitogenetico. El objetivo de este estudio fue la caracterizacion molecular de 20 accesiones de Dioscorea spp. mediante la tecnica molecular de AFLP para determinar como se distribuye la variabilidad genetica de manera intra e inter-especifica. Los datos fueron analizados mediante los metodos de agrupacion de correspondencia multiple y analisis de similaridad de Dice, estableciendo los niveles de confiabilidad de los grupos geneticos mediante remuestreos. En terminos de diversidad interespecifica, los valores promedios de similitud variaron entre 41.81% entre D. alata L. y D. rotundata Poir., y 33.51% entre D. trifida L.f. y D. esculenta (Lour.) Burkill, lo que sugiere alta diversidad genetica entre las accesiones estudiadas, que formaron cuatro grupos geneticos: D. alata, D. rotundata, D. esculenta y D. trifida, confirmando correspondencia entre la caracterizacion morfologica, clasificacion botanica y la caracterizacion molecular. En terminos de diversidad intraespecifica para la especie D. alata, el analisis tambien revelo una composicion heterogenea en la region Caribe colombiana. Estos estudios ayudaran a definir una estrategia adecuada para fines de conservacion y apoyar los esfuerzos futuros en los programas de mejoramiento genetico.