RESUMEN Al igual que una refineria de petroleo, una biorefineria utiliza todos los componentes de la biomasa para obtener productos aprovechables. Ademas de los lipidos, la biomasa de microalgas contiene cantidades importantes de proteinas, carbohidratos y otros productos metabolicos. En el presente estudio los autores definieron y evaluaron las rutas de obtencion de lipidos y monosacaridos de biomasa de las microalgas Amphiprora sp. y Navicula sp., por medio de la implementacion de procedimientos como disrupcion celular acida, extraccion Soxhlet, Organosolv, transesterificacion in situ y el metodo del acido dinitrosalicilico (DNS). Las rutas fueron definidas y comparadas con base en las eficiencias de extraccion de lipidos y porcentajes de azucares reductores obtenidos. Para la ruta de hidrolisis acida – extraccion Soxhlet se evaluaron diferentes tiempos, los mejores resultados se obtuvieron mediante los tiempos de 120 y 960 min, respectivamente. Mediante la ruta Organosolv – extraccion Soxhlet la mayor eficiencia lipidica obtenida fue 48% y en transesterificacion in situ el mayor porcentaje de azucares reductores totales fue 1,67%p. Ademas, se determinaron los parametros cineticos relacionados con el sistema de lisis celular y transesterificacion in situ para Navicula sp., obteniendo constantes de K=0,0003 min-1 para azucares reductores y K=0,02 min-1 para productos de degradacion. Por medio de espectroscopia infrarroja se comparo el pico de absorcion del grupo carbonilo caracteristico del biodiesel a traves del tiempo. Entre las rutas evaluadas, Organosolv – extraccion Soxhlet y transesterificacion in situ presentaron mayor obtencion de lipidos y monosacaridos, respectivamente. Palabras clave: pretratamiento, extraccion, integracion de procesos, azucares reductores. ABSTRACT As an oil refinery, a biorefinery uses all biomass components for obtaining high value usable products. Besides lipids, microalgae biomass contains significant amounts of proteins, carbohydrates and other metabolic products. In the present study, the authors defines routes to obtain monosaccharides and lipids from microalgae biomass of Amphiprora sp. and Navicula sp., through the implementation of acidic cellular disruption procedures, Soxhlet extraction, Organosolv pretreatment, in situ transesterification and the dinitrosalicylic acid method (DNS). The routes were defined and compared based on the percentage of lipids and monosaccharides obtained. For acid hydrolysis – Soxhlet extraction route several times of acid hydrolysis and extraction were evaluated, the best results for this route were obtained using times of 120 and 960 min, respectively. By Organosolv - extraction Soxhlet route, the best lipid efficiency obtained was 48% and in situ transesterification the highest percentage of total reducing sugars was 1.67%wt. Furthermore, kinetic parameters were determined related to the system of cell lysis and in situ transesterification for Navicula sp., getting constants K=0.0003 min-1 for reducing sugars and K=0.02 min-1 for degradation products. Using infrared spectroscopy compared the absorption peak of carbonyl group characteristic of biodiesel over time. Among Organosolv - Soxhlet extraction routes and in situ transesterification - Soxhlet extraction showed higher production of lipids and monosaccharides, respectively. Keywords: pretreatment, extraction, process integration, reducing sugars.