La presente investigacion propone un sistema de tratamiento anaerobio encargado de reducir las cargas contaminantes presentes en los vertimientos generados por la clinica veterinaria de la Universida de La Salle, mediante la accion directa de la actividad microbiana ejercida por las bacterias contenidas en el lodo inoculado en el reactor anaerobio de flujo a piston (RAP) disenado para tal fin. Se establecen ademas las acciones requeridas para mantener estable la operacion del reactor en cuanto al aporte de las bacterias metanogenicas y sulfato reductoras, mediante el desarrollo de analisis de laboratorio y determinacion de parametros in situ, lo cual permite definir los factores ambientales que inciden en el comportamiento de la biota bacteriana del reactor y, a su vez, la capacidad de degradacion de compuestos organicos presentada por estas. Finalmente, parte de la verificacion demostro que el aumento en las concentraciones de fenol en el afluente del RAP podrian desestabilizar los procesos anaerobios debido a la inhibicion de la produccion de por parte de las bacterias presentes en el reactor, ya que este compuesto es considerado como toxico y al ser usado como sustrato en los procesos de digestion anaerobia ocasiona desequilibrio en el metabolismo bacteriano.