Resumen Las enfermedades producidas por protozoos intestinales patogenos son causa de alta morbilidad, aunque no de una alta mortalidad. Se diseminan facilmente al transmitirse por el consumo de agua o alimentos contaminados con materia fecal de individuos o de animales infectados. La distribucion de estos protozoos intestinales es amplia en todo el territorio nacional, pero se desconoce su prevalencia actual. Por lo anterior, es importante incentivar a las autoridades en salud a mantener registros actualizados de prevalencia de Entamoeba histolytica y Giardia duodenalis; ademas, diagnosticar y confirmar la presencia de otros agentes etiologicos como coccidios, microsporidios y mixosporidios. Estos ultimos se transmiten por el consumo de pescado. Por lo anterior, es necesario implementar medidas de prevencion y control adecuado, teniendo en cuenta la situacion actual de cada departamento del pais. Palabras claves: Protozoos, prevalencia, parasitosis intestinales, coccidios, microsporidios, enfermedades de peces. Abstract The diseases caused by intestinal protozoa pathogens cause high morbidity, not of high mortality. They spread easily by transmission consuming water or food contaminated with fecal material from infected animals or human beings. The distribution of these intestinal protozoa is huge in all the national territory, but its prevalence is unknown. Therefore, is very important incentive the health autorities to keep actualized information of the prevalence of the Entamoeba histolytica and Giardia duodenalis. Furthermore try to diagnose and confirm the presence of any other etiological agents as coccidias, microsporidias and mixosporidias. These previous one transmitted via fish. Therefore, it’s very important to implement adecuate ways to prevent and control, taking into account the real situation of each state of the country. Key words: Protozoos, prevalence, Intestinal parasitic, coccidia, microsporidia, fish diseases.