Este articulo presenta un marco de referencia de auditoria de sistemas aplicable a las micro, pequenas y medianas empresas (mipymes) colombianas, a partir del trabajo articulado con las diferentes normas tecnicas, estandares y mejores practicas mundiales en el ambito de la tecnologia de la informacion (TI) y control interno para la realizacion de auditorias integrales de sistemas. Para ello se estudia el comportamiento que ha tenido el sector de las mipymes en la economia colombiana en TI y se analizan los estandares o normas tecnicas de COBIT (Control Objectives for Information and Related Technologies), ITIL (Biblioteca de Infraestructura de Tecnologias de Informacion), ISO 2700X, ISO 900X, entre otros.