En el presente estudio se realizo un analisis de los haplogrupos del cromosoma Y, presentes en la region Caribe colombiana, a partir de una muestra de 75 individuos no emparentados, previamente analizados para marcadores Y-STR por Romero, 2008. Se estudiaron 12 SNPs de los cuales, 9 definen los principales haplogrupos descritos para el Cromosoma Y, identificados anteriormente en otras regiones de Colombia (Brion, 2006; Bortolini, 2003). 3 SNPs adicionales, descritos por Sims et al, en 2007, permiten subdividir al haplogrupo R1b3, reportado como mayoritario en estos estudios. Se disenaron tres reacciones PCR multiplex que permitieron la amplificacion de los fragmentos esperados, y a traves del metodo de SNaPshot, se realizo la minisecuenciacion y tipificacion de los 12 SNPs. El analisis de los datos generados, permitio estimar las frecuencias de cada uno de los haplogrupos y sub haplogrupos presentes en la muestra de la region Caribe colombiana. Se encontro que el 68% corresponde al haplogrupo R1b3, que caracteriza a individuos e origen Iberico; en el 37% de ellos, fue posible caracterizar 3 sub haplogrupos denominados: R1b3h, R1b3i1 y R1b3i*. Al sub tipificar la muestra, se logro un incremento en el Poder de Discriminacion de 50.34% a 76,01 %, demostrando el potencial de estos marcadores en la resolucion de casos forenses complejos, como en aquellos en donde la degradacion de la evidencia biologica no permita el analisis de marcadores tradicionales, o donde interese establecer ya sea el origen etnico, o la pertenencia de un individuo a un sub haplogrupo particular de Cromosoma Y en procesos de identificacion de personas.