Introduccion: en poblaciones Iberoamericanas la transmision de apellidos es similar a la transmision genetica del cromosoma Y, por lo tanto su analisis puede ser util para inferir la estructura poblacional en terminos de tasas de migracion y niveles de endogamia (isomia). En este estudio se usaron datos de apellidos de dos periodos historicos de la poblacion de Peque y otros municipios de la subregion Noroccidental de Antioquia. Objetivo: evaluar la estructura poblacional de Peque y su relacion con otros municipios del noroeste de Antioquia por medio de analisis de isonimia. Materiales y metodos. a partir de los datos de apellidos del censo poblacional de 1858 y de la base de datos del Sistema de Identificacion de Beneficiarios de los Programas Sociales, Sisben 2006, se calcularon los parametros poblacionales: coeficiente de parentesco (oii), estimadores B y C (porcentaje poblacional de los siete y 15 apellidos mas frecuentes), diversidad de apellidos (D), porcentaje de apellidos unicos (A), tasa de migracion reciente (ѵ) y riqueza de apellidos (α de Fisher). Ademas se estimo la distancia de la cuerda de acuerdo a Cavalli-Sforza entre siete poblaciones de Antioqua. Resultados: En 1858 (n=441) se estimo una diversidad de apellidos (# apellidos/n) de 0,077 mientras que en 2006 (n=7836) fue 0,027. Los estimativos B y C fueron mayores en 1858 (66,3% y 86,0%) y menores en 2006 (40,8% y 61,5%); el estimador A fue mayor en 1858 (1,8%) y menor en 2006 (0,8). El coeficiente de endogamia (Φii) fue menor en 2006 (0,009) y mayor en 1858 (0,02). La menor distancia se encontro entre el municipio de Peque con el municipio de Dabeiba (0,001911) y la mayor entre Peque y Giraldo (0,006224). Conclusiones: la mayor frecuencia de siete apellidos en ambos periodos sugiere un crecimiento interno de la poblacion a partir de estos apellidos fundadores. Peque tiene caracteristicas de las poblaciones con alto grado de aislamiento, por lo tanto constituye una poblacion modelo para el estudio de enfermedades con etiologia genetica; en esta poblacion se ha reportado una frecuencia aumentada de enfermedad de Parkinson lo cual puede ser explicado en parte por la estructura genetica de la poblacion. Este metodo es util y de bajo costo para el estudio de poblaciones humanas ya que permite una aproximacion inicial a la estructura genetica, antes de em prender investigaciones mas finas con marcadores geneticos.